由於種肥常和種子接觸或與種子距離較近，因此種植時對肥料使用方法和用量有較嚴的要求。一旦施用不當，將會引起燒苗爛種和缺苗斷壟現象。因此，凡濃度過高、過酸、過堿或含有毒性物質的化肥及產生高溫的化肥均不宜做種肥施用。一般以速效性化肥或腐熟良好的優質農肥做種肥。生產上可做種肥的化肥有如下幾種：

硫酸銨簡稱硫銨。做種肥時隨種下肥時應避免與種子的過多接觸。拌種，是一種經濟有效的施種肥方法(每畝用肥量2.5公斤)，但要保證種子與硫銨呈幹燥狀態，並確保隨伴隨播不可久置。

過磷酸鈣 簡稱普鈣。施用時先把普鈣碾細過篩，拌上優質農肥，避免普鈣與幼苗接觸發生燒苗現象。畝施肥量以5至10公斤為宜。

重過磷酸鈣簡稱重鈣。用作種肥時畝施肥量2.5至5公斤為宜。由於重鈣不含硫酸鈣，故對喜硫作物(如馬鈴薯、豆類作物)的施肥效果不及普鈣。此外，施在堿牲土壤中的效果也不及普鈣。